Professeur Hors Classe de flûte à bec et Musiques Anciennes au Conservatoire à Rayonnement Régional de Toulouse, Marc Armengaud forme de nombreux flûtistes à bec débutants dès l'âge de 6 ans jusqu'aux  futurs professionnels et amateurs chevronnés.

Impliqué dans le parcours d'études de ses élèves, il  les prépare aux concours d'entrée des  institutions d'enseignement supérieur les plus prestigieuses d'Europe et se  réjouit avec eux de leur admission au Conservatoire National Supérieur de Musique  de Lyon,  au Sweelinck Conservatorium d'Amsterdam, à la Schola Cantorum de Bâle,  à la Zürcher Hochschule der Künste de Zurich, ou encore à l'Escola Superior de Mùsica de Catalunya  de Barcelone.

Sa pédagogie allie une  recherche  constante de la musicalité et de  la sonorité en rapport avec le modèle de la voix humaine, avec  une grande exigence technique visant à libérer le geste.  

Convaincu que l'instrument de musique n'est que le prolongement du corps de l'interprète, il met à profit sa pratique des arts martiaux asiatiques (Viet Vu Dao et Qi Gong) pour sensibiliser ses étudiants   aux  mouvements du corps dans l'espace.

Son enseignement musical couvre  toutes les périodes du répertoire historique : Moyen-Âge, Renaissance et époque Baroque, ainsi que les langages plus actuels : musiques contemporaines dans diverses esthétiques et modes de jeux, inspiration Jazz, etc . Il initie également ses élèves à l'art de la transcription, de l'ornementation et de  l'improvisation dans divers styles.

Les pratiques collectives ont également une part importante dans son enseignement : consorts de flûtes à bec, musique de chambre avec instruments anciens et modernes, orchestre baroque au Pôle d'Arts Baroques du CRR.

Sa classe de flûte à bec du CRR de Toulouse est équipée de nombreuses copies d'instruments anciens : consort de flûtes Renaissance d'après les instruments du Musée de Vienne (accord mésotonique), flûtes cylindriques médiévales (accord pythagoricien), flûtes de voix pour le répertoire baroque...

Au delà de son enseignement au CRRT, Marc Armengaud participe à la formation au Diplôme d’État des professeurs de flûte à bec et Musique Ancienne à l'Institut Supérieur des Arts de Toulouse, en collaboration avec l'Université de Toulouse - Jean Jaurès.  Il participe également à de nombreux jurys dans les Conservatoires ainsi que pour les concours professionnels, et enseigne lors de master-classes et stages.